どちらが良い悪いということはありませんが、それぞれ特長がありますので簡単にご説明いたします。
メリットとしては、実際にお使いの陰影と全く同じものができる点です。ただ、スキャンしてデータをお送り頂く手間をおかけすることになります。また、スキャンデータが粗いと出来上がりもどうしても粗くなってしまいます。そのような場合はスキャンデータの再送をお願いしております。
メリットは、安定してくっきりと美しい電子印鑑の作成が可能です。ただ、似ているフォント(書体)で作成しても、今お使いの印鑑とはどうしても違いが出てきます。しかし、請求書や納品書に押す認印としてお使いになる方が多いと思いますので、その点はあまり気になさらなくても良いと思っています。